Genetyka i epigenetyka komórek somatycznych Część 6

A. Cechy ogólne nowotworów
1. Definicja

2. Komórki i tkanki nowotworowe
a. Zmiany architektury tkanek
b. Mikrośrodowisko komórek
c. Metaloproteinazy

3. Fenotypy komórek nowotworowych
a. Błona komórkowa
b. Cytoplazma
c. Mitochondria
d. Jądro komórkowe
e. Jąderko

4. Wzrost niezrównoważony komórek nowotworu
a. Wzrost autonomiczny

• Rodziny czynników wzrostu PDGF i EGF
• Rola czynników rodziny IGF
• Proepitelina
• Interleukiny
• Autokrynowe neuropeptydy

b. Defekty stanu spoczynkowego i zróżnicowania
c. Wzrost bez stałego podłoża
d. Defekty hamowania wzrostu

• Defekty inhibicji kontaktowej
• Defekty regulacji rozmiarów narządów
• Brak odpowiedzi na inhibitory wzrostu

e. Defekty mechanizmu apoptozy i senescencji
f. Nasilona angiogeneza

B. Odróżnicowanie komórek
1. Przejście nabłonkowo‑mezenchymalne (EMT)
a. Zmiany w procesie EMT
b. Własności mezenchymalnych komórek stem
c. Zamiana E-kadheryny na N-kadherynę
d. Cytoskeleton i kształt komórek
e. Zaburzenia błony komórkowej
f. Lamellipodia i filopodia
g. Podosomy i inwadopodia
h. Induktory EMT
i. Regulacja procesu EMT

2. Przejście mezenchymalno‑ nabłonkowe (MET)

C. Pochodzenie komórek nowotworowych
1. Co oznacza termin transformacja nowotworowa?

2. Transformacja komórek zróżnicowanych
a. Protoonkogeny
b. Aktywacja protoonkogenów
c. Onkogeny wirusowe
d. Kooperacja onkogenów
e. Geny supresorowe (antyonkogeny)
f. Rola miRNA

D. Progresja choroby
1. Zmiany fenotypu komórek i mikrośrodowiska
a. Miofibroblasty
b. Rozsiane komórki nowotworu
c. Proteazy
d. Białka TIMP
e. Aktywator plazminogenu

2. Niestabilność genomowa
a. Niestabilność chromosomów

• Aneuploidia
• Defekty punktu kontroli G2–M
• Defekty kontroli wrzeciona (SAC)
• Defekty przejścia metafaza – anafaza
• Defekty kohezji chromatyd

b. Poliploidia
c. Niestabilność struktury

• Niestabilność telomerów
• Defekty naprawy złamań DNA

d. Niestabilność powtórzeń DNA

• Niestabilność mikrosatelitarna
• Amplifikacje sekwencji DNA
• Destabilizacja elementów mobilnych genomu

3. Niestabilność epigenetyczna
a. Hipometylacja DNA
b. Hipermetylacja DNA
c. Zmiany kompleksów białkowych chromatyny

• Kompleksy białek PcG i TRXG
• Rola białek HMG

d. Modyfikacje histonów

• Metylotransferazy histonów
• Demetylazy histonów (KDMazy)
• Acetylotransferazy histonów
• Deacetylazy histonów
• Pozycjonowanie nukleosomów
• Warianty histonów

E. Komórki nowotworowe stem (CSC)
1. Własności komórek CSC
a. Komórki nowotworu
b. Metabolizm energetyczny komórek CSC
c. Glikoliza i OXPHOS w CSC

2. DDR w komórkach nowotworowych stem
a. DDR w fazie G1 cyklu

• Zahamowanie cyklu w stresie
• Naprawa DNA w fazie G1
• DDR w późnej fazie G1
• Stan wyciszenia proliferacji w G1

b. Senescencja w fazie G1 cyklu

• Fenotyp wczesnej senescencji
• Inicjacja senescencji
• Inne regulatory senescencji
• Podtrzymanie senescencji
• Zróżnicowanie krańcowe

c. Senescencja w fazie G2 cyklu
d. Zniesienie stanu senescencji

• Adaptacja do tetraploidii

e. Poliploidyzacja

• Faktory poliploidyzacji

f. Mechanizm molekularny poliploidyzacji

• Rereplikacja DNA
• Endoreduplikacja
• Adaptacja komórek do stanu poliploidii

g. Nietypowe podziały komórkowe

• Endomitozy i acytokinetyczne mitozy

F. Transformacja komórek ASC
1. Komórki stem zróżnicowanych tkanek (ASC)
a. Faktory w niszach komórek ASC
b. Adhezja komórek ASC
c. Stan spoczynkowy ASC
d. Senescencja ASC
e. Proliferacja ASC

• Geny stanu stem
• Geny ekspansji komórek ASC

2. Mechanizmy transformacji nowotworowej ASC
a. Faktory różnicowania ASC

• Inne faktory specyficzne dla ASC

b. Epigenetyczne zmiany ASC

• Metylacja DNA
• Modyfikacje histonów
• Chromatynowe kompleksy białek Polycomb
• Białka wiążące RNA

c. Mikro RNA
d. Porównanie komórek ASC i CSC

• Porównanie profilu ekspresji genów
• Stan epigenetyczny komórek ASC i CSC

G. Transformacja komórek ESC
1. Cechy komórek ESC
a. Porównanie ESC i CSC
b. Inne białka ESC
c. Stan epigenetyczny ESC
d. Mikro-RNA w ESC

2. Potworniaki

3. Pierwotne komórki płciowe (PGC)
a. Markery komórek PGC
b. Jądrowo‑rakowe antygeny (CTAg)
c. Stan epigenetyczny PGC
d. Guzy z komórek rozrodczych

4. Komórki stem płodu (FSC)
a. Hematopoetyczne FSC (Hem‑FSC)
b. Mezenchymalne FSC (Mez-FSC)
c. Neuronalne FSC (Neu-FSC)
d. Medulloblastoma (MB)
e. Konkluzje

H. Transformacja komórek immortalizowanych
1. Immortalizacja
a. Inaktywacja p53
b. Inaktywacja p16 i pRb
c. Zahamowanie aktywności kinazy mTOR
d. Blok Ox-phos mitochondiów

2. Ekspresja telomerazy

3. Stan epigenetyczny komórek immortalizowanych
a. Metylacja DNA
b. Modyfikacje histonów

I. Tworzenie indukowanych pluripotencjalnych komórek stem (iPSC)