Genetyka i epigenetyka komórek somatycznych Część 1

A. Informacja genetyczna, definicja

B. Historia

C. Struktura DNA

D. Struktura genomów

E. Rodzaje sekwencji DNA

F. Struktura chromatyny

1. Białka architektoniczne
a. Histony

2. Białka niehistonowe (NHCP)
a. Białka HMG
b. Topoizomerazy
c. Białka wiążące MAR i SAR
d. Inne białka wiążące DNA
e. Białka chromodomeny

• Białka CBX/HP1
• Białka grupy POLYCOMB (PcG)
• Białka grupy TRITHORAX (TRXG)
• Białka chromodomeny (CHD)
• Białka z domeną BEN
• Kompleksy białek PCG I TRXG

G. Struktura chromosomów

H. Struktura jądra komórkowego

I. Rodzaje informacji genetycznej

1. Informacje w sekwencjach kodujących aminokwasy

2. Informacja w sekwencjach regulacyjnych

3. Informacja w kompleksach białek niehistonowych

4. Informacja wynikająca z metylacji DNA

• Białka wiązące meCpG

5. Modyfikacje histonów
a. Metylacje histonów
b. Demetylazy histonów
c. Acetylazy histonów
d. Deacetylacja histonów
e. Fosforylacja histonów
f. Ubikwitynacja histonów

6. Kompleksy remodelujące
a. Kompleksy ATPaz Brahma
b. Kompleksy ATPaz ISWI
c. Kompleksy CHD (białka chromodomeny)
d. Kompleksy ATPaz INO80

J. Replikacja DNA

1. Ogólne zasady
a. Enzymy replikujące DNA
b. Mechanizm replikacji DNA adenowirusów
c. Mechanizm replikacji DNA mitochondrialnego
d. Mechanizm replikacji DNA bakterii i eukariontów

2. Terminacja replikacji

3. Replikacja dna e. Coli

4. Replikacja u eukariontów
a. Kompleks prereplikacyjny
b. Kompleks preinicjacyjny
c. Kompleks inicjacyjny
d. Inicjacja replikacji

5. Prawo naprzemienności fazy S i fazy M cyklu

6. Odtworzenie struktury nukleosomów
a. Nowosyntetyzowane histony
b. Składanie nukleosomów
c. Modyfikacje białek chromatyny
d. Zachowanie modyfikacji histonów po replikacji DNA

K. Cykl życiowy komórki

1. Cykl życiowy e. Coli

2. Cykl życiowy komórki eukariontów
a. Komórki spoczynkowe
b. Okres kompetencji

• Faktory wzrostu

c. Wczesny okres fazy G1
d. Późny okres fazy G1
e. Okres presyntetyczny G1
f. Faza S cyklu
g. Faza G2
h. Faza mitozy

3. Losy komórek somatycznych
a. Senescencja komórek

• Markery fenotypowe senescencji
• Markery molekularne senescencji
• Rodzaje senescencji
• Zmiany struktury chromatyny w senescencji
• Mechanizm senescencji
• Losy komórek w stanie senescencji

b. Autofagia
c. Stan spoczynkowy
d. Różnicowanie terminalne
e. Immortalizacja

• Komórki pluripotencjalne typu stem
• Multipotencjalne komórki stem organizmów dorosłych
• Unipotencjalne komórki immortalizowane

4. Regulacja cyklu komórki
a. Punkty przejściowe cyklu

• Kinazy cdk
• Cykliny
• Inhibitory kinaz cdk

b. Niekonwencjonalna regulacja cyklu
c. Punkty restrykcyjne cyklu
d. Punkty kontrolne cyklu

L. Regulacja proliferacji

1. Aktywacja proliferacji
a. Faktory wzrostu

• Ludzkie receptory EGF (HER)

b. Zakotwiczenie w macierzy zewnątrzkomórkowej

2. Hamowanie proliferacji
a. Wydzielane inhibitory
b. Receptory białek TGF-B
c. Inhibicja kontaktowa (CI)
d. Kontrola wielkości organów

M. Apoptoza

1. Faza wykonawcza apoptozy

2. Faza inicjacji apoptozy
a. Inicjacja czynnikami zewnętrznymi
b. Inicjacja czynnikami wewnętrznymi

3. Inhibitory apoptozy